Заходим в раздел «Финансы». Нажимаем меню «Действия» — «Импорт оплат из банк-клиента»

Выбираем формат (банк клиенты обычно используют форматы csv или xml, также подходят файлы экспортированные для 1С).
Выбираем файл, сэкспортированный из банк-клиента.

Сохраняем:

Если оплата выделена красным, значит программе не удалось найти конкретную компанию и конкретный счет (поиск осуществляется по ИНН, введенному в карточку компании). В этом случае открываем карточку оплаты и выбираем компанию и счет вручную.